Vaikka ohjelman lisenssi onkin laitekohtainen, Tilikirja 3:lla voi hallita monen eri yrityksen kirjanpitoa. Yhteen kansioon asennetun ohjelman eri ammatinharjoittajien kirjanpidot joutuvat tyytymään samaan tilikarttaan. Saman kansion ammatinharjoittajat näkyvät Tilikirja3:n perustietojen hakemistopuussa ja niille voidaan laatia yhdistetty tuloslaskelma.
Jos Tilikirja 3:n asentaa yhdessä tietokoneessa moneen eri hakemistoon, on mahdollista käyttää eri tilikarttaa kunkin asennuksen kirjanpidoissa. Eri kansioihin asennetut Tilikirjat eivät näe toistensa ammatinharjoittajia eikä niiden kesken voi tehdä yhdistettyä tuloslaskelmaa.
Yhteen hakemistoon asennetusta Tilikirjasta voi olla kerralla käynnissä vain yksi ilmentymä. Toisin sanoen, jos Tilikirja on jo käynnissä ja se yritetään käynnistää uudelleen, surmaa käynnistyvä ohjelma edeltäjänsä. Näin tehdään, koska kukin ohjeman ilmentymä lataa tietokoneen keskusmuistiin tilikauden kaikki tapahtumat. Kahden tai useamman ohjelman yhtäaikainen käyttö saattaisi sekoittaa tietovaraston.
Otettaessa varmistuksia ohjelmalla, on syytä välttää rinnakkaisen ohjelmailmentymän käynnistämistä. Varsinkin hitaille siirtomedioille varmuuskopioitaessa, voi varmistus katketa ennen valmistumistaan, kun myöhemmin käynnistyvä prosessi raivaa edeltäjänsä keskusmuistista.
Eri hakemistoihin asennetut Tilikirjat voivat sen sijaan olla yhtä aikaa käynnissä.